一眼動画を撮影した時に問題となる動画記録の設定ですが、
ファイル形式の設定とフレームの記録方法。
1Dx Mark2では、ファイル形式（フォーマット）では、mpeg4かmovかを選択できます。
ファイル形式としては、mp4(mpeg4)が軽いのですが、後々編集などをすることがほとんどだと思うので、Quicktimeファイル形式であるMOVを選択しておくと無難です。
また、編集で特に重要となるフレームの記録形式ですが、IPBとALL-Iの２通りがあります。ファイル形式をMP4にすると、フレームの記録は、自動的にIPBになります（ALL-I）を選べません。
MOVを選択している場合はALL-I形式を選べますので、かならずALL-Iの記録方式を選択しておくところをお勧めまします。
IPBとALL-Iの違いですが、ALL-I（オールイントラ）は、全部のイメージフレームが記録される形式と思ってください。厳密にはすべてのフレーム画像を記録する非圧縮(AVI)とは違いますが。フレームが全てあるので、後々編集もしやすいということです。逆にIPBでは、フレーム間の補完を予測形式で記録しているので、後のコマ編集などで映像がが劣化する可能性があります。IPBで記録された動画を表示できない編集ソフトもあります。
以上の撮ってそのまま見るだけの動画なら、軽いMP4で記録すればいいと思いますが、それならわざわざ1Dx2なんかで撮影しないでしょうし、スマホで十分です。
仕事関係で一眼動画を撮影するならそれなりのレンズをつけて一眼独自の映像を撮りたい場合でしょうから、迷わずMOV形式のALL-Iで撮影です。
動画の解像度の設定
1DX2で記録できる動画の解像度としては、4K（4096px*2160px）動画が60P・30P・25P・24Pで可能ですが、記録する為には、CFastカードを利用しないといけません。
また、現状4Kは編集環境が整っていないので、編集素材の撮影としてはちょっと安全性がどうかな！？というのがあります。ですので、通常ではフルHD（1920×1080）の解像度で撮影することがほとんどかと思います。
シネアド入稿の仕様などを見ていますが、現在はまだ上映施設が4Kに対応していない場合がほとんどで、HD納品ですね（2017年1月）。
フルHDでの撮影では、記録フレームレートの設定を60P・30P・25P・24Pと選べます。30Pで十分なようにも思えますが、デジタルサイネージの納品仕様に60Pが前提となっている場合もありましたので、60P（59.94fps）記録が無難かもしれません。
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